Les Salésiens sont arrivés à Madagascar suite du Projet Afrique. Les premiers à fonder une Mission à Madagsacar, celle de Bemaneviky, étaient les Salésiens de la Province de Naples en 1980. Dans les deux années successives, ont été ouvertes les maisons salésiennes de Mahajanga (par les missionnaires de la Province de Venise Est), Ijely-Miarinarivo (par les missionnaires de la Province de Rome), et Tuléar (par les missionnaires de la Province de Sicile). En 1984, la Province de Rome a fondé une autre Mission à Ivato, dans la diocèse d'Antananarivo: le centre Notre Dame de Clairvaux pour accueillir les jeunes en difficulté. En 1987 a été ouverte la maison Salésienne de Betafo, et en 1989 c'était le tour de celle d'Ankililoaka, comme premier Noviciat de Madagascar, qui est après transféré à Ivato en 1992, et depuis 2003, il se trouve à Ambohidratrimo.
La croissance constante des maisons missionnaires salésiennes à Madagascar avait comme conséquence l'institution,le 07 juillet 1992, de la Circonscription à Statut Spécial "Marie Immaculée" de Madagascar, avec le Père Luigi Zuppini comme premier Supérieur Provincial. En 1993, la Mission de Fianarantsoa a été inaugurée en qualité de formation des jeunes confrères salésiens. En 1995, le Projet Educatif et Pastoral des Salésiens de Don Bosco à Madagascar a été approuvé. Vers la moitié des années 90, avait lieu le lancement de "Radio Zarasoa" à Betafo et de "Radio Mazava" d'Ankililoaka, avec l'objectif de porter aux habitants des milieux ruraux, un message éducatif et de répandre la Parole de Dieu. Le 27 juin 1996, la transmission à Madagascar de la Radio Don Bosco, dont le Siège est à Ivato, a été inaugurée, et qui jusqu'aujourd'hui emet par Satellite les transmissions à tous les Diocèses de l'île. Actuellement, on est en phase de projeter une maison missionnaire à Tamatave, qu'on espère ouvrir dans les prochaines années.